在了解气质联用仪在医疗方面应用之前，我们应该对这类仪器进行初步认识。质谱分析是联用仪的检测仪器，它能对待测物质进行定量实验，当样品经离子化反应后，仪器内部的磁场根据不同成分的荷质比进行将其分离，信号收集系统检测信号并将分析所得数据以质谱图的形式展现出来。气相色谱仪部分可以算作仪器的样品处理系统，它不仅将样品汽化，还将它们按照性质的不同进行分离纯化，两种仪器结合使用得到高端检测水准。
临床检测算是气质联用仪的新兴领域，国内在这方面处于初期阶段，有很大比例的质谱仪来自外企厂家，对于国内市场来看，供需上的不平衡必将引发行业的超速发展。临床检测主要是对大生物分子的检测，蛋白质检测、基因检测等都为疾病诊断治疗提供重要的科学依据。使用质谱仪进行复杂有机化合物的检测还在起步阶段，但它在医学上已经有了比较完善的实验方案，如在医药成分检测方面。医学上的应用还有，将气质联用仪用在新生儿筛查方面，这使得仪器在医学上的应用有了突破性的发展。早在2008年，美国等一些国家已经就仪器在医疗方面的应用做了全面设计和布局。很多外企制造商以此为动力，制造并研究符合国家生产标准的仪器型号。赛默飞根据市场中不同领域的需求，制造出各种型号的联用仪，并在它的可靠性、稳定性等方便不断提高自身要求。
在临床上的应用，质谱仪有非常大的优势，它可以同时检测几种成分的含量，还有一定的特异性和高速分析的特点，在该领域，仪器还有很大的发展潜力，面对如此兴盛的市场，生产企业既要不断突破自身的技术局限，又要考虑市场需求，通过仪器在医学临床方面的应用来降低遗传疾病的发生，来提高新生儿的健康水平。
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